圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山（又名西山，满刺加国王拜里迷苏拉曾将明成祖赠送的金龙文笺在山上勒石树碑，后改名为圣保罗山），建于1521年，为葡萄牙人所建。著名传教士圣方济各埋葬于此，教堂前竖有圣芳济各神父塑像。1670年荷兰人占领马六甲后，将教堂用作城堡，今天在外墙上仍可见到不少子弹孔。1753年，荷兰人另建了一座教堂，而圣保罗教堂则做为荷兰贵族的墓地，现在仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。在教堂内有一墓穴，是1553年圣芳济各的临时墓地。